D’abord il te faut installer MultiPageImporter2.5 qui est un script pour InDesign : http://indesignsecrets.com/zanelli-releases-multipageimporter-for-importing-both-pdf-and-indd-files.php
(ce n’est pas précisé mais il fonctionne avec toutes les versions d’InDesign)
Ensuite avec InDesign il faut faire un nouveau document A4 (paysage je suppose) et trouver le panneau des scripts : menu Fenêtre : Utilitaires : Scripts.
C’est depuis le panneau des scripts qu’il faut lancer MultiPageImporter2.5 pour importer automatiquement les 1000 pages des deux PDF en un tournemain. Les options de placement permettent d’en placer un à gauche et un à droite (il faudra les importer successivement, ce script ne place qu’un seul PDF à la fois).
Et pour finir : menu Fichier : Exporter : PDF.
– Il existe un autre script fourni avec InDesign pour importer des PDF multipages mais il ne propose aucune option de placement.
– Je viens de m’apercevoir que j’avais déjà répondu à cette question pour une problématique presque identique : http://forums.mediabox.fr/topic/181197-superposition-de-2-documents-pdf/