Tout est bien, sauf le calque de boutons.
Quand on masque tous les calques du document on voit tous les champs de formulaires qui ne sont pas attachés à un calque, dont les boutons (voir ci-joint).
Donc il faut soit refaire le document dans InDesign en plaçant soigneusement les champs boutons sur le calque approprié (Acrobat ne sait pas gérer ça), soit gérer la visibilité des champs boutons en plus de celle du calque.