Il faut d’abord vérifier que le dégradé utilise bien 2 fois la couleur Pantone, c’est-à-dire le Pantone comme coul d’arrivée et, par exemple, le Pantone à 1% comme coul de départ (et surtout pas du blanc).
Sinon, au risque de me répéter, il n’y a qu’une seule façon de générer un PDF avec des couches supplémentaires sans soucis : InDesign !
😉