Quand un service informatique est efficace et bien organisé la mise-à-jour de 20, de 200 ou de 2000 postes ne prend pas plus de temps, et se fait en général dans la nuit…
Un “bon” service informatique ne laisse pas non plus traîner des versions obsolètes qui ne sont plus mises-à-jour par Adobe et qui présentent des trous de sécurité important, surtout pour un parc de 2000 machines, et surtout si elles tournent sous Windows avec le couple Explorer/Outlook et MS-Office.
Mais je me doute que tu n’y peux rien.
Par nature Reader 7 est compatible avec PDF 1.6 et versions antérieures, d’ailleurs un message d’alerte est censé prévenir l’utilisateur lors de l’ouverture d’un PDF en version ultérieure.
Ce qui est probable c’est que dans tous les cas de figure, il ne s’agisse pas d’un “défaut” mais bien d’une “conséquence logique et prévisible” (j’adore ce terme ! 
) due aux différence de version.
Il est impossible de répondre à ta question sans disposer d’au moins un fichier PDF d’exemple, donc il faudrait que tu nous en fasse parvenir un (une seule page suffit) soit en pièce jointe sur le forum, soit via un serveur extérieur (comme tu préfères).