Le problème avec les eBooks c’est qu’il y a eBook et eBook…
Tout dépend ce que tu veux en faire, s’il doit être distribué par des librairies en ligne, Amazon, la Fnac, etc. tu ne pourras pas t’en tirer comme ça car ils demandent des fichiers intégralement balisés, voir : https://www.abracadabrapdf.net/le-pdf-parfait/balisage-et-accessibilite/
Ce qui n’est pas le cas des fichiers prépresse puisque c’est un des rares cas de figure pour lesquels le balisage ne sert à rien.
En dehors de ces demandes, si ton PDF n’est pas correctement balisé il sera de toute façon inutilisable avec les liseuses et avec les logiciels utilisés habituellement pour lire les eBooks sur ordinateur, tablette et smartphone.
Pour répondre à la question de base, la fonction En-têtes et pieds de page permet de réappliquer un foliotage par-dessus tout ce qui existe sur la page. L’idée c’est de le réappliquer sur toutes les pages, et donc par-dessus l’existant quand il y en a.
Demande bien à “ajouter” des En-têtes et pieds de page, pas à les “modifier”.
De façon générale il vaut mieux ne pas s’occuper du message affiché par Acrobat quand on ouvre cette fonction, c’est du blabla.
Acrobat Pro permet de recoller les petits bouts d’objets graphiques dispersés sur les pages (des documents prépresse notamment) via le Contrôle en amont et via l’Optimiseur PDF, deux fonctions absentes d’Acrobat Standard.